章十八 团聚体的遗传转录
“好的。”蒂兰圣雪永远不会产生疲劳感,也不会有任何失望与抱怨情绪,作为一个执行我命令的智能体,她唯一的存在意义就是辅助书的拥有者将这个永远不会结束的游戏继续下去而已。
蒂兰圣雪迅速地把时间倒退到了七十亿年前,也就是羽扇大陆分割后的一千年时间点上,看到重新出现的波澜壮阔的大海和高高悬挂在空中的黄色太阳,我总算是如释重负。
因为洋流、大气流动、宇宙射线、地壳运动,甚至分子的布朗运动、黑烟囱的流向、海洋中有机分子的随机运动等因素都可以看成是具有数百个不确定解,同时有上百个初始参数的混沌方程,所以采用大量重复操作的方式来制造生命显然是对于目前文明阶段的我来说最合适的方式。
接下来的时间里,按照我的要求,蒂兰圣雪再次进行了一百零八次重复的生命实验,生命实验每次都从羽扇大陆分离后一千年开始,然后在新地球被红巨星吞噬时结束
一百零八次的实验,在漫长而无聊的等待中渡过。
当然,虽然光膜外的时间可以说是过去了数千亿年,但是现实世界中的时间依然是以我的体感时间为参照。
之前蒂兰圣雪告诉了我,光膜内的时间以体感时间为标准的,也就是说,无论书外的地球还是希尔伯特空间的时间流动的标准,都是依靠我大脑神经粒子的平均温度以及以此在绝对零度时构成脑神经粒子的振动频率作为对比后计算所得,也就是光膜的时间流动是主人我本人的体感时间为参照。而我体感时间与现实世界是基本一致的,所以光膜内的时间流速与现实世界基本一致。但是与希尔伯特空间内创造的宇宙的时间对比却并不相同。因为希尔伯特内的时间频率是其宇宙内的粒子振动周期。这个周期与我所在的现实世界是不同的。而只要我的体感时间不太长,不管希尔伯特空间内的哈勃宇宙时间如何加速或者倒流,对于我本人拥有的独立时间参考系来说,都毫无影响。
原本我总认为,在时间面前,生命总是不够用。但是看着一次次生命创造的失败,看着一页一页消耗的纸张,我明白了,在生命面前,时间总是不够用。
这样的实验似乎永无止境。我本来会一直持续下去,一直到我接近精神和身体疲劳度极限的那一刻,但是就在我这样以为的那一刻,最后的奇迹还是到来了。
“主人,在四号黑烟囱附近检测到了第一个‘团聚体’的诞生,具有比较完整的多分子体系。”
“给我看看。”我淡淡地道。
光膜上立刻出现了一个类似于小水滴的半透明团状物体。这是一个浓缩的小球,静静地漂浮在水中,就外形看来多少类似于水面上漂浮的一个油花,非常的不显眼,其直径小的可怜,仅仅只有几微米,人的肉眼极限是到纳米,这样的团聚体放在人眼前是根本看不见的,也只有拥有数据投影功能的光膜能够成像。
这个半透明的团聚体周围充斥着彩色的光芒,它反射着照耀进水中的太阳的反光,像是一个小小的天使。
我屏住呼吸,安静地打量着这个小小的、脆弱而不起眼的小球,这是多么脆弱而不堪一击的小家伙,但是对我来说,却是用无数个宇宙换来的珍宝。
“团聚体自身及它周围的海水成分是什么?”就算在喜悦之余,我也没有忘记团聚体的生存环境参数。
“团聚体的主要成分是磷酸化酶,其周围一立方米内的液体成分是磷酸、半乳糖、阿拉伯糖、鼠李糖和葡萄糖醛酸,以及内氨酸、甘氨酸、脯氨酸及羟脯氨等二十八种氨基酸,其中还有葡糖-1-磷酸溶液。团聚体主要靠葡糖-1-磷酸中的磷酸键获得能量。”
蒂兰圣雪回答了我的问题。而我则是在心中计算着团聚体获取能源的途径以及其所能够维持的新陈代谢的时长。
我默默地望着光模上放大后呈现出来的这个小小的团聚体,这个团聚体位于羽扇大陆东部海域,如果以羽扇大陆最东部的海岸线为东经0度的话,那么,此刻这个团聚体所在海域就是东经度,北纬度,属于温带地区,气候不算高也不算低。
光模上的团聚体完全是一个小小的液滴,小液滴悬浮在水中,而其周围的海水中的一些多糖分子则会扩散进入小液滴内部,被其内部所含有的磷酸化酶聚合成淀粉,也就是淀粉作为一种化学能量被储存起来了。而聚合的过程中,葡糖-1-磷酸的磷酸键断裂,脱离而出的磷酸根则是向着小液滴的外围扩散。而由于小液滴内部的淀粉不断地积累,小液滴的体积也在逐渐扩大,当扩大到了一定程度时,淀粉就很容易分裂,这时候小液滴就分开了,一分为四,四个新的小液滴诞生了,这些小液滴比起它们的母体要小很多,但是,这在某种程度上已经可以看做是生命的繁殖了。
这是最原初的生命。
它们是这颗星球的亚当和夏娃。
四个分裂的小液滴中,有两个很不幸的因为得不到葡糖-1-磷酸而最终消亡了,但是剩下的两个小液滴却是比较幸运,它们正好与海水中的β-淀粉酶蛋白质相遇,淀粉酶进入了它们内部之后帮助分解其中的淀粉,水解成麦芽糖,麦芽糖在水中再次水解成葡萄糖,然后和磷酸根一起回到周围海水里,这样周围海水里就源源不断地可以保持住有葡糖-1-磷酸的存在,团聚体也可以以这样的方式不断地获得葡萄糖,然后又释放葡萄糖,成为一个内外交互循环的系统,在这个循环的过程中,团聚体自身就有了一定的稳定性,成为了一个能够保持自我有序信息的低熵体。
由于团聚体能够源源不断地释放出水解的葡萄糖,而周围海水中的葡萄糖却是相对来说不稳定的,所以数量众多的团聚体之间会趋向于靠拢,以此来互相维持其系统循环得以持续。这是一种看似有意识,实则无意识的靠拢现象。随着时间的推移,海水中所随机含有的一些生物小分子和散乱的离子、原子被吸收进入了团聚体的内部,这些小分子有些对于团聚体来说毫无作用,不参与其系统的循环过程,但是有些小分子却是能够无意之间与其内部存在着的其他有机小分子碰撞组合,成为能够促进其循环的构件。这些构件就保留了下来,继续存在于团聚体的内部,而团聚体的复杂性也因此上升。随着时间的推移,团聚体的周围出现了一层能够把内部的物质与外界物质分隔开来的界膜,这层界膜具有渗透功能,它能够阻挡外部的一些大分子,让一些大小适中的有机分子渗透进入团聚体的内部。
而也就在到了这个时候,最原始的自然选择理论开始发挥其效果了。
随着时间的推移,这些团聚体的数量在迅速地增多,一个团聚体一般可以分裂成2到5个小的团聚体,当然,有些团聚体分裂的时候不太顺利,会出现界膜破裂,或者很不巧进入了缺少有机分子的区域,又或者是遇上了高温的热泉,被高温热泉冲刷地失去了活性。
但是这没有关系,因为团聚体的分裂数量最够的多,而且是以指数的形式增长,就算有少部分的团聚体在增长过程中消亡了,剩下的一些团聚体还是顽强地生存了下来,并且吸收其他团聚体死亡破裂后飘荡在海洋里的有机大分子构件,继续壮大自己。
随着时间的推移,海洋中的团聚体数量不断地增长,不同地团聚体因为渗透了海水中不同的分子,以及时不时有随机组合的情况发生,团聚体内部的结构也日益复杂起来。
自然选择过了大约三年后,海洋中团聚体中出现了一个特殊的团聚体,这个特殊的小小团聚体内部出现了最原始的mrna。mrna是一种拥有转录、编码功能的单链核糖核酸。这种特殊的分子的工作过程具体是这样的:
mrna先存在于团聚体的内部,它就像是一个模具,然后其他的有机分子进入团聚体内部后,会像是灰尘一样吸附在mrna这个模具之上,这样就相当于是那些有机分子构件镶嵌在了mrna这个模具凹进去的地方,这样随着时间的推移,根据互补配对原则,mrna的凹陷处就被那些有机小分子填满,而这个时候,模具就会一分为二,这样,就相当于出现了两个形状完全相同,只是上下颠倒的模具,这个过程中,mrna一分二。而这个过程有时候恰好伴随着团聚体的分裂,于是mrna可以进入两个团聚体之中,而这种有复制能力的mrna就可以存在于两个新的团聚体之中了。而随着时间的推移,这种能够在遗传上有一定稳定性的团聚体比起其他的团聚体更有竞争力,虽然一开始有些团聚体的分裂和mrna的分裂时间未必等时,但是由于rna有保留信息的能力,那些团聚体分裂时间和rna分裂时间同时进行的团聚体有着更强的生存能力,更容易在维持存活的道路上走得更远,所以随着时间的推移,有着mrna的团聚体数量越来越多,从一开始的一个团聚体,在短短数年的时间内,海洋内一半比例的团聚体内部都有了mrna。而mrna的优势在于它有遗传保留的能力,团聚体们可以随机地吸取周围海水中的分子,用rna来组装自己,这些组装完全是随机的,有些组装不利于团聚体的生存,所以那些团聚体很快就被淘汰了,但是其中的有些随机组装却是恰好能够让团聚体们更加强大,更容易从周围海水中获得维持自身成长和分裂的资源,所以这些团聚体数量一而再再而三地增长,优势团聚体的比例不断地在上升之中。
很快,又过了差不多十年,第一个拥有蛋白质的类脂双层膜结构的团聚体出现了,这个团聚体拥有的膜可以选择性地让一些有机分子,对于其系统有意义的酶进入其内部,而把更多对于团聚体分裂和维持稳定性没有用处的分子阻挡在膜外边,这样这个团聚体就能够更好地繁殖了。相比起其他的团聚体,这个有了双层膜结构的团聚体更有生存竞争力,也更能够保护自己,它比起它的其他同胞们生存时间更久,系统更稳定,由于rna有遗传保留能力,
于是,这个团聚体分裂出的个体之中,也有一些团聚体继承了它这一特性,于是,拥有双层膜结构的团聚体数量很快增长起来,随着时间的推移,这些能够保护自己,存活更久的团聚体渐渐占据了海洋中团聚体的主流。
这些团聚体拥有的双层膜结构,是后来的细胞膜原型。而这些拥有rna的团聚体,也是后来的原核生物的原核的原型。
但是这还没有结束,由于拥有rna的团聚体数量庞大,其中不免有一部分的rna碰上了氨基酸,而且空间结构恰好相符,于是就携带和允在了这些氨基酸,形成了肽链,这叫做反转录过程,以rna为模板,在反转录酶的作用下,第一条单链dna序列出现了,而这条单链dna序列再次通过互补的方式产生出了一条单链dna,这两条单链dna相互组合,形成了双链的结构,也就是cdna。这个时候,dna的遗传史也开始了。
比起rna,dna遗传有几个很大的优势,其一,是rna的半衰期太短,寿命比起dna来,rna要更短一些。其二,rna在遗传转录复制过程中,错误率很高,不如dna那么的稳定和低错误率。
一定的错误率虽然有利于团聚体的进化和物种的增长,但是过高的错误率却是容易导致一些遗传上的优势难以继承,反而在遗传过程中消亡了,这样一来,dna比起rna来有了更高的遗传上的优势,随着时间的推移,有着dna的团聚体数量开始慢慢增长了,其增长的势头甚至要超过rna团聚体。
当然,dna的转录过程中,还是离不开rna的辅助的,准确来说,是rna和dna同时具有的团聚体有着最强的竞争优势,而其中的dna也是不断地组合,随着时间的推移,其一定错误率造成的遗传变异导致其中有一部分的团聚体有着更为明显的生存上的优势,这些团聚体不断增长,最终,像样的,有着复制能力的复制基因终于成形了。
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因为洋流、大气流动、宇宙射线、地壳运动,甚至分子的布朗运动、黑烟囱的流向、海洋中有机分子的随机运动等因素都可以看成是具有数百个不确定解,同时有上百个初始参数的混沌方程,所以采用大量重复操作的方式来制造生命显然是对于目前文明阶段的我来说最合适的方式。
接下来的时间里,按照我的要求,蒂兰圣雪再次进行了一百零八次重复的生命实验,生命实验每次都从羽扇大陆分离后一千年开始,然后在新地球被红巨星吞噬时结束
一百零八次的实验,在漫长而无聊的等待中渡过。
当然,虽然光膜外的时间可以说是过去了数千亿年,但是现实世界中的时间依然是以我的体感时间为参照。
之前蒂兰圣雪告诉了我,光膜内的时间以体感时间为标准的,也就是说,无论书外的地球还是希尔伯特空间的时间流动的标准,都是依靠我大脑神经粒子的平均温度以及以此在绝对零度时构成脑神经粒子的振动频率作为对比后计算所得,也就是光膜的时间流动是主人我本人的体感时间为参照。而我体感时间与现实世界是基本一致的,所以光膜内的时间流速与现实世界基本一致。但是与希尔伯特空间内创造的宇宙的时间对比却并不相同。因为希尔伯特内的时间频率是其宇宙内的粒子振动周期。这个周期与我所在的现实世界是不同的。而只要我的体感时间不太长,不管希尔伯特空间内的哈勃宇宙时间如何加速或者倒流,对于我本人拥有的独立时间参考系来说,都毫无影响。
原本我总认为,在时间面前,生命总是不够用。但是看着一次次生命创造的失败,看着一页一页消耗的纸张,我明白了,在生命面前,时间总是不够用。
这样的实验似乎永无止境。我本来会一直持续下去,一直到我接近精神和身体疲劳度极限的那一刻,但是就在我这样以为的那一刻,最后的奇迹还是到来了。
“主人,在四号黑烟囱附近检测到了第一个‘团聚体’的诞生,具有比较完整的多分子体系。”
“给我看看。”我淡淡地道。
光膜上立刻出现了一个类似于小水滴的半透明团状物体。这是一个浓缩的小球,静静地漂浮在水中,就外形看来多少类似于水面上漂浮的一个油花,非常的不显眼,其直径小的可怜,仅仅只有几微米,人的肉眼极限是到纳米,这样的团聚体放在人眼前是根本看不见的,也只有拥有数据投影功能的光膜能够成像。
这个半透明的团聚体周围充斥着彩色的光芒,它反射着照耀进水中的太阳的反光,像是一个小小的天使。
我屏住呼吸,安静地打量着这个小小的、脆弱而不起眼的小球,这是多么脆弱而不堪一击的小家伙,但是对我来说,却是用无数个宇宙换来的珍宝。
“团聚体自身及它周围的海水成分是什么?”就算在喜悦之余,我也没有忘记团聚体的生存环境参数。
“团聚体的主要成分是磷酸化酶,其周围一立方米内的液体成分是磷酸、半乳糖、阿拉伯糖、鼠李糖和葡萄糖醛酸,以及内氨酸、甘氨酸、脯氨酸及羟脯氨等二十八种氨基酸,其中还有葡糖-1-磷酸溶液。团聚体主要靠葡糖-1-磷酸中的磷酸键获得能量。”
蒂兰圣雪回答了我的问题。而我则是在心中计算着团聚体获取能源的途径以及其所能够维持的新陈代谢的时长。
我默默地望着光模上放大后呈现出来的这个小小的团聚体,这个团聚体位于羽扇大陆东部海域,如果以羽扇大陆最东部的海岸线为东经0度的话,那么,此刻这个团聚体所在海域就是东经度,北纬度,属于温带地区,气候不算高也不算低。
光模上的团聚体完全是一个小小的液滴,小液滴悬浮在水中,而其周围的海水中的一些多糖分子则会扩散进入小液滴内部,被其内部所含有的磷酸化酶聚合成淀粉,也就是淀粉作为一种化学能量被储存起来了。而聚合的过程中,葡糖-1-磷酸的磷酸键断裂,脱离而出的磷酸根则是向着小液滴的外围扩散。而由于小液滴内部的淀粉不断地积累,小液滴的体积也在逐渐扩大,当扩大到了一定程度时,淀粉就很容易分裂,这时候小液滴就分开了,一分为四,四个新的小液滴诞生了,这些小液滴比起它们的母体要小很多,但是,这在某种程度上已经可以看做是生命的繁殖了。
这是最原初的生命。
它们是这颗星球的亚当和夏娃。
四个分裂的小液滴中,有两个很不幸的因为得不到葡糖-1-磷酸而最终消亡了,但是剩下的两个小液滴却是比较幸运,它们正好与海水中的β-淀粉酶蛋白质相遇,淀粉酶进入了它们内部之后帮助分解其中的淀粉,水解成麦芽糖,麦芽糖在水中再次水解成葡萄糖,然后和磷酸根一起回到周围海水里,这样周围海水里就源源不断地可以保持住有葡糖-1-磷酸的存在,团聚体也可以以这样的方式不断地获得葡萄糖,然后又释放葡萄糖,成为一个内外交互循环的系统,在这个循环的过程中,团聚体自身就有了一定的稳定性,成为了一个能够保持自我有序信息的低熵体。
由于团聚体能够源源不断地释放出水解的葡萄糖,而周围海水中的葡萄糖却是相对来说不稳定的,所以数量众多的团聚体之间会趋向于靠拢,以此来互相维持其系统循环得以持续。这是一种看似有意识,实则无意识的靠拢现象。随着时间的推移,海水中所随机含有的一些生物小分子和散乱的离子、原子被吸收进入了团聚体的内部,这些小分子有些对于团聚体来说毫无作用,不参与其系统的循环过程,但是有些小分子却是能够无意之间与其内部存在着的其他有机小分子碰撞组合,成为能够促进其循环的构件。这些构件就保留了下来,继续存在于团聚体的内部,而团聚体的复杂性也因此上升。随着时间的推移,团聚体的周围出现了一层能够把内部的物质与外界物质分隔开来的界膜,这层界膜具有渗透功能,它能够阻挡外部的一些大分子,让一些大小适中的有机分子渗透进入团聚体的内部。
而也就在到了这个时候,最原始的自然选择理论开始发挥其效果了。
随着时间的推移,这些团聚体的数量在迅速地增多,一个团聚体一般可以分裂成2到5个小的团聚体,当然,有些团聚体分裂的时候不太顺利,会出现界膜破裂,或者很不巧进入了缺少有机分子的区域,又或者是遇上了高温的热泉,被高温热泉冲刷地失去了活性。
但是这没有关系,因为团聚体的分裂数量最够的多,而且是以指数的形式增长,就算有少部分的团聚体在增长过程中消亡了,剩下的一些团聚体还是顽强地生存了下来,并且吸收其他团聚体死亡破裂后飘荡在海洋里的有机大分子构件,继续壮大自己。
随着时间的推移,海洋中的团聚体数量不断地增长,不同地团聚体因为渗透了海水中不同的分子,以及时不时有随机组合的情况发生,团聚体内部的结构也日益复杂起来。
自然选择过了大约三年后,海洋中团聚体中出现了一个特殊的团聚体,这个特殊的小小团聚体内部出现了最原始的mrna。mrna是一种拥有转录、编码功能的单链核糖核酸。这种特殊的分子的工作过程具体是这样的:
mrna先存在于团聚体的内部,它就像是一个模具,然后其他的有机分子进入团聚体内部后,会像是灰尘一样吸附在mrna这个模具之上,这样就相当于是那些有机分子构件镶嵌在了mrna这个模具凹进去的地方,这样随着时间的推移,根据互补配对原则,mrna的凹陷处就被那些有机小分子填满,而这个时候,模具就会一分为二,这样,就相当于出现了两个形状完全相同,只是上下颠倒的模具,这个过程中,mrna一分二。而这个过程有时候恰好伴随着团聚体的分裂,于是mrna可以进入两个团聚体之中,而这种有复制能力的mrna就可以存在于两个新的团聚体之中了。而随着时间的推移,这种能够在遗传上有一定稳定性的团聚体比起其他的团聚体更有竞争力,虽然一开始有些团聚体的分裂和mrna的分裂时间未必等时,但是由于rna有保留信息的能力,那些团聚体分裂时间和rna分裂时间同时进行的团聚体有着更强的生存能力,更容易在维持存活的道路上走得更远,所以随着时间的推移,有着mrna的团聚体数量越来越多,从一开始的一个团聚体,在短短数年的时间内,海洋内一半比例的团聚体内部都有了mrna。而mrna的优势在于它有遗传保留的能力,团聚体们可以随机地吸取周围海水中的分子,用rna来组装自己,这些组装完全是随机的,有些组装不利于团聚体的生存,所以那些团聚体很快就被淘汰了,但是其中的有些随机组装却是恰好能够让团聚体们更加强大,更容易从周围海水中获得维持自身成长和分裂的资源,所以这些团聚体数量一而再再而三地增长,优势团聚体的比例不断地在上升之中。
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于是,这个团聚体分裂出的个体之中,也有一些团聚体继承了它这一特性,于是,拥有双层膜结构的团聚体数量很快增长起来,随着时间的推移,这些能够保护自己,存活更久的团聚体渐渐占据了海洋中团聚体的主流。
这些团聚体拥有的双层膜结构,是后来的细胞膜原型。而这些拥有rna的团聚体,也是后来的原核生物的原核的原型。
但是这还没有结束,由于拥有rna的团聚体数量庞大,其中不免有一部分的rna碰上了氨基酸,而且空间结构恰好相符,于是就携带和允在了这些氨基酸,形成了肽链,这叫做反转录过程,以rna为模板,在反转录酶的作用下,第一条单链dna序列出现了,而这条单链dna序列再次通过互补的方式产生出了一条单链dna,这两条单链dna相互组合,形成了双链的结构,也就是cdna。这个时候,dna的遗传史也开始了。
比起rna,dna遗传有几个很大的优势,其一,是rna的半衰期太短,寿命比起dna来,rna要更短一些。其二,rna在遗传转录复制过程中,错误率很高,不如dna那么的稳定和低错误率。
一定的错误率虽然有利于团聚体的进化和物种的增长,但是过高的错误率却是容易导致一些遗传上的优势难以继承,反而在遗传过程中消亡了,这样一来,dna比起rna来有了更高的遗传上的优势,随着时间的推移,有着dna的团聚体数量开始慢慢增长了,其增长的势头甚至要超过rna团聚体。
当然,dna的转录过程中,还是离不开rna的辅助的,准确来说,是rna和dna同时具有的团聚体有着最强的竞争优势,而其中的dna也是不断地组合,随着时间的推移,其一定错误率造成的遗传变异导致其中有一部分的团聚体有着更为明显的生存上的优势,这些团聚体不断增长,最终,像样的,有着复制能力的复制基因终于成形了。
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